تحقیق رایگان درباره mM، دماي، (W/V)

دسامبر 29, 2018 0 By mitra7--javid

Molecular Cloning: A Laboratory Manual (3rd ed). Cold Spring Harbor Laboratory Press.
SAFFAR, B., B. YAKHCHALI, AND M. ARBABI (2005) Enhanced bioadsorption of cadmium and nickel by E. coli displaying a metal binding motif using CS3 fimbriae. I.J.B, 3, 180-185.
SAFFAR, B., YAKHCHALI, B. & ARBABI, M. (2007) Development of a bacterial surface display of hexahistidine peptide using CS3 pili for bioaccumulation of heavy metals. Curr Microbiol, 55, 273-7.
SALEEM, M., BRIM, H., HUSSAIN, S., ARSHAD, M., LEIGH, M. B. & ZIA UL, H. (2008) Perspectives on microbial cell surface display in bioremediation. Biotechnol Adv, 26, 151-61.
SAMUELSON, P., GUNNERIUSSON, E., NYGREN, P. A. & STAHL, S. (2002) Display of proteins on bacteria. J Biotechnol, 96, 129-54.
SAMUELSON, P., WERNERUS, H., SVEDBERG, M. & STAHL, S. (2000) Staphylococcal surface display of metal-binding polyhistidyl peptides. Appl Environ Microbiol, 66, 1243-8.
SASSON, A. (2005) Industrial and Environmental Biotechnology. UNU-IAS Report.
SAUER, F. G., BARNHART, M., CHOUDHURY, D., KNIGHT, S. D., WAKSMAN, G. & HULTGREN, S. J. (2000) Chaperone-assisted pilus assembly and bacterial attachment. Curr Opin Struct Biol, 10, 548-56.
SAUER, F. G., PINKNER, J. S., WAKSMAN, G. & HULTGREN, S. J. (2002) Chaperone priming of pilus subunits facilitates a topological transition that drives fiber formation. Cell, 111, 543-51.
SAUER, F. G., REMAUT, H., HULTGREN, S. J. & WAKSMAN, G. (2004) Fiber assembly by the chaperone-usher pathway. Biochim Biophys Acta, 1694, 259-67.
SCHEMBRI, M. A., HASMAN, H. & KLEMM, P. (2000a) Expression and purification of the mannose recognition domain of the FimH adhesin. FEMS Microbiol Lett, 188, 147-51.
SCHEMBRI, M. A., SOKURENKO, E. V. & KLEMM, P. (2000b) Functional flexibility of the FimH adhesin: insights from a random mutant library. Infect Immun, 68, 2638-46.
SCHNEIDER, M., LANE, L., BOUTET, E., LIEBERHERR, D., TOGNOLLI, M., BOUGUELERET, L. & BAIROCH, A. (2009) The UniProtKB/Swiss-Prot knowledgebase and its Plant Proteome Annotation Program. J Proteomics, 72, 567-73.
SERENCAM, H., GUNDOGDU, A., UYGUR, Y., KEMER, B., BULUT, V. N., DURAN, C., SOYLAK, M. & TUFEKCI, M. (2008) Removal of cadmium from aqueous solution by Nordmann fir (Abies nordmanniana (Stev.) Spach. Subsp. nordmanniana) leaves. Bioresour Technol, 99, 1992-2000.
SHARMA, P. D. M. H. F. J. (2008) BIOINFORMATICS APPLIED IN BIOREMEDIATION. Innovative Romanian Food Biotechnology, 2.
SHERMAN, D. (2002) Heavy Metal Pollution. Environmental Geochemistry, University of Bristol.
SHINDYALOV, I. N. & BOURNE, P. E. (1998) Protein structure alignment by incremental combinatorial extension (CE) of the optimal path. Protein Eng, 11, 739-47.
SOTO, G. E. & HULTGREN, S. J. (1999) Bacterial adhesins: common themes and variations in architecture and assembly. J Bacteriol, 181, 1059-71.
SOUSA, C., CEBOLLA, A. & DE LORENZO, V. (1996) Enhanced metalloadsorption of bacterial cells displaying poly-His peptides. Nat Biotechnol, 14, 1017-20.
SUJATHA, M. S. & BALAJI, P. V. (2006) Fold-recognition and comparative modeling of human alpha2,3-sialyltransferases reveal their sequence and structural similarities to CstII from Campylobacter jejuni. BMC Struct Biol, 6, 9.
SWAILEH, K. M., HUSSEIN, R. M. & ABU-ELHAJ, S. (2004) Assessment of heavy metal contamination in roadside surface soil and vegetation from the West Bank. Arch Environ Contam Toxicol, 47, 23-30.
THILAKARAJ, R., RAGHUNATHAN, K., ANISHETTY, S. & PENNATHUR, G. (2007) In silico identification of putative metal binding motifs. Bioinformatics, 23, 267-71.
UZLOVA, T. V., TEPLOVA, S. N. & MEDVEDEV, B. I. (2000) [The role of different microorganisms in the genesis of tubal-peritoneal infertility and in immunity]. Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol, 95-7.
VALLS, M., ATRIAN, S., DE LORENZO, V. & FERNANDEZ, L. A. (2000) Engineering a mouse metallothionein on the cell surface of Ralstonia eutropha CH34 for immobilization of heavy metals in soil. Nat Biotechnol, 18, 661-5.
VAN DIE, I., VAN OOSTERHOUT, J., VAN MEGEN, I., BERGMANS, H., HOEKSTRA, W., ENGER-VALK, B., BARTELING, S. & MOOI, F. (1990) Expression of foreign epitopes in P-fimbriae of Escherichia coli. Mol Gen Genet, 222, 297-303.
VIJAYARAGHAVAN, K. & YUN, Y. S. (2008) Bacterial biosorbents and biosorption. Biotechnol Adv, 26, 266-91.
VIVONA, S., GARDY, J. L., RAMACHANDRAN, S., BRINKMAN, F. S., RAGHAVA, G. P., FLOWER, D. R. & FILIPPINI, F. (2008) Computer-aided biotechnology: from immuno-informatics to reverse vaccinology. Trends Biotechnol, 26, 190-200.
WANG, J. & CHEN, C. (2006) Biosorption of heavy metals by Saccharomyces cerevisiae: a review. Biotechnol Adv, 24, 427-51.
WANG, J. & CHEN, C. (2009) Biosorbents for heavy metals removal and their future. Biotechnol Adv, 27, 195-226.
WEAST, R. (1984) CRC handbook of chemistry and physics. CRC, Boca Raton, Fla, 64 edn.
WERNERUS, H. & STAHL, S. (2004) Biotechnological applications for surface-engineered bacteria. Biotechnol Appl Biochem, 40, 209-28.
WESTERLUND-WIKSTROM, B. (2000) Peptide display on bacterial flagella: principles and applications. Int J Med Microbiol, 290, 223-30.
XIONG, J. (2006) essential of bioinformatics.
XU, Z. & LEE, S. Y. (1999) Display of polyhistidine peptides on the Escherichia coli cell surface by using outer membrane protein C as an anchoring motif. Appl Environ Microbiol, 65, 5142-7.
YAKHCHALI , B. (1996) expression of foreign epitope in cs3 fimbriae. PHD Thesis, Adelaid university, Australia.
YAKHCHALI, B. & MANNING, P. A. (1997) Epitope analysis of the CS3 fimbrial subunit of human enterotoxigenic Escherichia coli and the construction of novel CS3::ST and CS3::LT-B immunogens. Behring Inst Mitt, 124-34.
ZHENG, J. P., ZHANG, Z. S., LI, S. Q., LIU, X. X., YUAN, S. L., WANG, P., ZHAN, D. W., WANG, L. C. & HUANG, C. F. (2005) Construction of a novel Shigella live-vector strain co-expressing CS3 and LTB/STm of enterotoxigenic E.coli. World J Gastroenterol, 11, 3411-8.

پيوست 1: محلولها و بافرهاي مورد نياز جهت استخراج DNA
1-1- ترکيب محلولهاي مورد نياز براي استخراج DNA پلاسميدي در مقياس کم به روش ليز قليايي به شرح زير ميباشد.
حجم مورد استفاده
غلظت نهايي
ترکيبات
بافر
1.25 ml
1 ml
5 ml
42.75 ml
25 mM
10mM
50mM
Tris – HCl 1M pH:8
EDTA 0.5 M pH:8
Glucoses 0.5 M
ddH2O
Solution I
(50 ml)
0.5 ml
2.5 ml
22 ml
0.1 M
1%

NaOH 5M
SDS 10%
ddH2O

Solution II
(25 ml)

60 ml
11.5 ml
28.5 ml
5 M
Potasium Acetate
Acetic Acid Glacial
ddH2O

Solution III
(100ml)

* محلول I طبق دستوالعمل فوق تهيه و پس از اتوکلاو در دماي °C 4 نگهداري شد.
* محلول II شماره بايد درموقع مصرف و تازه تهيهشود.
* محلول III مطابق روش فوق تهيه و در دماي °C4 نگهداري شد.
2-1- محلولها و بافرهاي مورد نياز براي الکتروفورز DNA بر روي ژل آگارز و رنگآميزي آن
1-2-1 بافر TAE105
از اين بافر به منظور استفاده در الکتروفورز DNA و همچنين ساختن ژل آگارز استفاده ميشود. ليست مواد تشکيل دهندهي اين بافر به شرح زير است.
TAE 50X
ترکيب غ
لظت نهايي
EDTA 50 mM
Tris-Hcl 2M
Acetic acid Glacial درصد 5.71 (v/v)
2-2-1- بافر بارگذاري106 DNA
250 ميلي گرم بروموفنلبلو (BPB) و يا 250 ميليگرم زايلن سيانول در 33 ميليليتر تريس اسيدي 150 mM (PH:7.6) حل شد و سپس ml 60 گلسيرول و ml 7 آب مقطر به آن اضافهشد. اين بافر در دماي اتاق نگهداري ميشود.
3-2-1- محلول رنگآميزي107
محلول ذخيره اتيديوم برمايد (sigma) با غلظت 10 ميلي گرم در ميليليتر در آب مقطر حلشد. اين محلول در شرايط تاريکي نگهداري ميشود.

پيوست2: محلولها و بافرهاي لازم جهت کار با پروتئينها
1-2- بافر PBS

براي تهيه يک ليتر 10X PBS
NaCl
KCl
Na2HPO4
KH2PO4
ddH2O
1.4 M
27 mM
101 mM
18 mM
1lit (pH:7.4 )
محلول تهيهشده در شيشههاي کوچک تقسيم و اتوکلاو گرديد و در دماي اتاق نگهداريشد.
2-2- محلولها و بافرهاي مورد نياز جهت SDS-PAGE
بافر
ترکيب
مقادير
Acryl-bis acrylamid mix (30%)
Acrylamid
N,N’-methylenbis acryl amid
50% (W/V)
1.3% (W/V)
Resolving Buffer (pH:8.8)
SDS
Tris-base
0.4% (W/V)
1.5 M
Stacking Buffer (pH:6.8)
SDS
Tris-base
0.4% (W/V)
0.5 M
SDS-PAGE Running buffer (pH:8.3)
SDS
Tris-base
Glycin
0.1%
0.3%
1.44%
SDS-PAGE Sample Solvent (6X Loading Buffer)
Tris-base (pH:6.8)
SDS
Glycerol
?-mercaptoethanol(or dithiothreitol)
Bromophenol blue

100 mM
4% (W/V)
20% (V/V)
200 mM
0.2% (W/V)
APS (ammonium proxy disulfide)
APS

10% (W/V
TEMED: Tetra methylene diamine

* APS بايد تازه تهيه شود و TEMED بايد در تاريکي و °C4 نگهداري شود.
3-2- محلولها و بافرهاي لازم جهت وسترنبلاتينگ
ليست مواد و بافرهاي مورد نياز جهت انجام وسترنبلاتنيگ در جدول زير آورده شدهاست.
بافر
ترکيبات
مقادير
بافر انتقال
(pH:8.3)
Glycin
Tris-Base
SDS
Methanol
14.4 g/l
3.01 g/l
0.25 g/l
200 ml/l
بافر پوشاننده
Bovine Serum Albumin
PBS (1X)
Tween-20
1% (W/V)

0.05 %
بافر شستشو
PBS (1X)
Tween-20

0.05 %
محلول سوبسترا
4-Chloro-1-naphtol
Methanol
Washing Buffer
H2O2
30 mg
10 ml
25 ml
15 ?l
* آنتيباديهاي مورد استفاده در وسترن بلاتينگ در (1X) بافر شستشو تهيهگرديد.
1-3-2- محلول سوبسترا
مقدار 15 ميليگرم از ماده سوبستراي 4-chloro-1-naphtol در 15 ميليليتر متانل حلگرديد و در دماي -20C° نگهداري شد.

پيوست3- محيط کشت LB
اين محيط با ترکيب زير تهيه و پس از رساندن pH محيط به 7 در دماي C? 121 به مدت 15 دقيقه اتوکلاو ميشود در صورت نياز به آنتيبيوتيک، وقتي دماي محيط کشت به حدود C? 50 رسيد به آن اضافه شد و سپس در حدود 20-30 ميليليتر در هر پليت ريخته و بعد از سفتشدن محيط در دماي C?4 نگهداريگرديد.

غلظت نهايي
ترکيب

1% (w/v)
Trypton
0.5% (w/v)
yeast extract
1% (w/v)
NaCl
1.5% (w/v)
Agar
1 Lit
ddH2O

پيوست 4 – مراحل استخراج DNA با کمک کيت
1- مقدار 1- 1.5 ميليليتر از کشت شبانه (معمولا 16 ساعته) باکتري در ويال 2 ميلي ليتري ريخته شد و توسط سانتريفوژ با دور rpm 4000 و زمان